Su problema es más que probable que algunas distribuciones de Linux tengan diferentes php.ini para Apache PHP y PHP-CLI, parece que su PHP-CLI (que usará Cake Baker) no tiene las funciones mysql_* habilitadas.
Para solucionarlo, deberá ubicar php.ini para PHP CLI y descomentar la línea que incluye mysql_* lib. debería ser algo así como "extension=mysql.so". Para encontrar la ubicación de php.ini, ejecute php -r 'phpinfo();' en la línea de comando y desplácese hasta la parte superior para ver la ubicación de php.ini.
