Me enfrenté al mismo problema. Además de usar estos:
cnxn.setdecoding(pyodbc.SQL_CHAR, encoding='utf-8')
cnxn.setdecoding(pyodbc.SQL_WCHAR, encoding='utf-8')
cnxn.setencoding(encoding='utf-8')
Agregar esto resolvió el problema para mí:
cnxn.setdecoding(pyodbc.SQL_WMETADATA, encoding='utf-32le')