Prueba esto con coalesce
ON DUPLICATE KEY UPDATE
wp_second.GEARTYPE= COALESCE(wp_first.vessel_type, wp_second.GEARTYPE),
wp_second.flag= COALESCE(wp_first.flag, wp_second.flag),
wp_second.vname= COALESCE(wp_first.vessel_name, wp_second.vname)
? es el valor que quieres que sea si es nulo