El estado primero. El truco es que si solo necesita consultar por categoría, puede hacerlo.
SELECT * from table where status in (1,0) and category = 'whatever'
y aún obtener soporte de índice. Por supuesto, si todas sus consultas usan ambas columnas, es lo mismo de cualquier manera, pero en este caso, si usa solo el estado, es mucho mejor, y solo la categoría, solo un poco peor, si es que lo hace.
Si también busca muchas inserciones, desea minimizar la cantidad de índices, por lo que esta es su mejor opción en lugar de tener múltiples índices.