Fundamentalmente, no hay diferencia entre la combinación implícita y la explícita JOIN .. ON. Los planes de ejecución son los mismos.
Prefiero la notación explícita porque facilita la lectura y la depuración. Además, en la notación explícita se define la relación entre las tablas en la cláusula ON y la condición de búsqueda en la cláusula WHERE.