Eventualmente saqué el código fuente de MySql Connector/.NET y descubrí que si MySqlCommand.Connection.Settings.IgnorePrepare =true (¡que es el valor predeterminado!), llamar a Prepare no es una opción.
La forma de solucionar esto es establecer explícitamente IgnorePrepare en falso en la cadena de conexión. Esto se puede hacer con bastante facilidad con MySqlConnectionStringBuilder utilizando el siguiente fragmento de código:
MySqlConnectionStringBuilder connBuilder = new MySqlConnectionStringBuilder();
// .. set up the rest of your connection
connBuilder.IgnorePrepare = false;
MySqlConnection conn = new MySqlConnection(connBuilder.ToString());
