¿Ha considerado usar mysqlimport? Puede leer sobre esto aquí:http://dev.mysql. com/doc/refman/5.1/en/mysqlimport.html
Probablemente no haría nada eliminando las tablas originales, porque entonces tienes que volver a crear todas tus claves foráneas, índices, restricciones, etc., lo cual es un desastre y una pesadilla de mantenimiento. Cambiar el nombre de las tablas también puede causar problemas (por ejemplo, si tiene sinónimos para las tablas, aunque no estoy seguro de si mysql tiene sinónimos).
Sin embargo, lo que haría sería deshabilitar las claves antes de cargar los datos.
ALTER TABLE tbl_name DISABLE KEYS
En otras palabras, al cargar los datos, no desea que intente actualizar los índices porque eso ralentizará la carga. Desea que los índices se actualicen una vez que se complete la carga.
Así que creo que al combinar mysqlimport con el consejo anterior, debería poder obtener una carga realmente eficiente.