Deshabilitar los índices puede ayudar, pero cuando vuelva a habilitarlos, tendrá que reconstruirlos, lo que también llevará mucho tiempo. No creo que ahorres tiempo al final.
Pero recomendaría aprender a usar pt- cambio de esquema en línea . Esta es una herramienta que ejecuta cambios de esquema en segundo plano, por así decirlo, mientras su aplicación puede continuar leyendo y escribiendo la tabla original.
Probablemente llevará más tiempo ejecutar el alter. Pero no te importa, porque no hay tiempo de inactividad. Digamos que toma dos horas en lugar de 40 minutos. Está bien porque la aplicación no tiene que esperar a que finalice el cambio de esquema.
En mi trabajo, ejecutamos cientos de cambios de esquema por semana en producción, sin tiempo de inactividad. La herramienta de cambio de esquema necesita bloquear la tabla brevemente al principio y al final de su trabajo.