Problema con la agrupación de Tomcat con Hibernate. Tiempo de espera de MySQL

autoReconnect=true no se recomienda, la justificación se encuentra aquí .

En general, no debería estar haciendo conexiones JDBC usted mismo desde dentro de hibernación. El objeto de sesión de Hibernate tiene un método createQuery y createSQLQuery que hace que la mayoría del código JDBC sea superfluo. Yo digo la mayoría porque no he descubierto una manera de hacer un ANÁLISIS DE VACÍO desde dentro de Hibernate, así que tengo que hacer una conexión JDBC separada para hacerlo, pero salvo casos extremos como ese, realmente no deberías mezclar JDBC e Hibernate.