De hecho, lo que desea cambiar son los colores para el resaltado de sintaxis. Estos colores se almacenan en un archivo xml y actualmente no hay una GUI para cambiarlos. Pero puede editar el archivo xml directamente (reinicie MySQL Workbench para detectar cualquier cambio). Busque el archivo code_editor.xml en su directorio de instalación de MySQL Workbench.
Hay secciones para cada servidor MySQL compatible como:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<languages>
<language name="SCLEX_MYSQL">
<!-- This is the base language setting. It's usually not directly used, but provides values shared by
more specialized MySQL versions. -->
<!-- Lexer properties -->
<property name="fold" value="1" />
<property name="fold.compact" value="0" />
<property name="fold.comment" value="1" />
...
<style id="1" fore-color="#A0A0A0" /> <!-- SCE_MYSQL_COMMENT -->
<style id="2" fore-color="#A0A0A0" /> <!-- SCE_MYSQL_COMMENTLINE -->
...
</language>
...
</languages>
Hay etiquetas de estilo de número, cada una de las cuales especifica un color de fondo y de fondo (y un estilo como negrita, cursiva) para cada tipo de token. Aquí es donde puedes ajustar los colores a lo que quieras. Haz una copia del archivo original en caso de que necesites restaurarlo.