Debe usar una consulta nativa para usar funciones de base de datos como json_contains:
@Query("select c from CaseMessage c where c.caseId=?1 and c.id not in(select cm.id from CaseMessage cm where json_contains(status, '{\"status\": \"delete\"}') and json_contains(status, '{\"user_id\": ?2}'))", nativeQuery = true)
List<CaseMessageResponse> getAllCaseMessages(long caseId, long userId);
o con la anotación @NativeQuery
para más información:
Diferencia entre consulta, nativa consulta, consulta con nombre y consulta escrita
