El problema aquí terminó siendo algunas cosas. Como abarnert señaló en los comentarios de la pregunta, hubo una mezcla del sistema python y virtualenv python. Para resolver esto, tuve que cambiar las propiedades del proyecto PyDev para que solo apuntaran a la instancia de virtualenv python, luego, en las preferencias del intérprete de PyDev, tuve que reconstruir PYTHONPATH.
Después de hacer esto, en virtualenv tuve que ejecutar el siguiente código:
pip uninstall mysql-python
pip install mysql-python==1.2.5
Esto resolvió todos los problemas.
