Con JPA, debe hacer lo siguiente
int num = ((Number)this.entityManager.createNativeQuery("select count(*) from your_table_name")
.getSingleResult()).intValue();
editado:
String name = this.entityManager.createNativeQuery("select t.name from your_table_name t limit 1").getSingleResult().toString();
Contarás con num object
Espero que te ayude.