¿Qué tal esto?
SELECT * FROM users WHERE email REGEXP '[.].*[.].*@';
esto busca dos (o más) puntos antes de @ (lo que aún permitiría nombres de dominio de múltiples puntos como .co.uk, etc.).
Sin embargo, debe considerar la posibilidad de que algunos usuarios también tengan varios puntos en su nombre de usuario, y eso seguirá siendo legítimo.