MySQL:actualice varias columnas si su valor es igual a

Puedes hacer esto con un montón de case declaraciones:

UPDATE my_table
SET    v0 = CASE v0 WHEN 3 THEN 0 ELSE v0 END,
       v1 = CASE v1 WHEN 3 THEN 0 ELSE v1 END,
       v2 = CASE v2 WHEN 3 THEN 0 ELSE v2 END,
       v3 = CASE v3 WHEN 3 THEN 0 ELSE v3 END
WHERE  3 IN (v0, v1, v2, v3)