Su función devuelve una salida formateada en lugar de la tabla en sí:
$DataSet.Tables[0] | ft -AutoSize
Eliminar el | ft -AutoSize
y podrá trabajar con los datos reales de la tabla:
$Result1 = Invoke-MySql -Query $Query1 |
Where-Object { $_.gid -eq 2122322 } |
Select-Object -Expand key3
Format-*
Los cmdlets son para dar formato a los datos cuando se presentan al usuario. Nunca utilícelos en datos que deban estar sujetos a un procesamiento posterior (básicamente, nunca los use dentro de una función).