Además de los comentarios, encontré otra razón que podría causar el problema, que no se enumeran esquemas:
Me encontré con esto al intentar conectarme a otra base de datos con otros esquemas que antes.
Vaya a Proyecto -> Propiedades -> JPA y deshabilite/desmarque Anular el esquema predeterminado de la conexión
Si hay un esquema seleccionado que no existe en la base de datos seleccionada, no se mostrará ningún esquema al crear entidades. Para mí, el problema era que Eclipse estaba tratando de mostrar un esquema de la base de datos antes.
