Si uno de sus requisitos es "cifrar todo el tráfico entre C# y Mysql", recomendaría configurar require_secure_transport
variable del sistema (en su servidor MySQL) a 1. Esto evitará que se creen conexiones inseguras.
También deberá configurar su servidor MySQL para usar SSL, según este tutorial (a la que hiciste referencia en los comentarios).
En su programa C#, asegúrese de tener SslMode=Required en su cadena de conexión. Esto asegurará que todo el tráfico entre C# y MySQL, incluidas las consultas y las respuestas, esté encriptado (aparte de un breve intercambio de texto sin formato al comienzo de una conexión).
Una vez hecho esto, Echo Mirage (o cualquier herramienta de captura de paquetes de red) no podrá leer el texto sin formato de las consultas en el cable.
