No es predeterminado, pero mysql admite ssl.
https://dev.mysql.com/doc /refman/5.5/en/usando-conexiones-cifradas.html
Es probable que sí, sus credenciales estén volando en texto sin formato y un rastreador pueda capturarlas fácilmente.
Si no puede hacer que su proveedor configure mysql ssl, ¿tal vez pueda vpn primero a la red donde vive el servidor mysql y luego conectarse a 3306? Supongo que depende de las opciones que te dé tu proveedor.