Si está redactando una instrucción SQL agregando el valor de $myVariable
variable, entonces deberías mirar si es NULL
o no y modifique la instrucción SQL en consecuencia.
Por ejemplo, si su código es algo como:
$sql .= "myVariable = '" . mysql_real_escape_string($myVariable) . "'";
entonces deberías cambiarlo a algo como:
if (is_null($myVariable)) {
$sql .= "myVariable = NULL";
} else {
$sql .= "myVariable = '" . mysql_real_escape_string($myVariable) . "'";
}