Depende en gran medida de tu situación:
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¿Hay personas que usan la aplicación anterior? - Esto significará que realmente no puede crear otra base de datos para su nueva aplicación si desea acceder a nueva información.
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¿Existe realmente la necesidad de cambiar las relaciones de los modelos? - No creo que debas cambiar a menos que realmente lo necesites.
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Costo:¿cuánto tiempo está dispuesto a dedicar a la migración?
Nota:Puede modificar casi todo en su modelo para hacer frente a la estructura de tabla/base de datos anterior.