Espero no haberme perdido y haber complicado demasiado las cosas, pero esto es lo que se me ocurrió:
SELECT sq.created_at, avg(sq.price) as median_val FROM (
SELECT t1.row_number, t1.price, t1.created_at FROM(
SELECT IF(@prev!=d.created_at, @rownum:=1, @rownum:[email protected]+1) as `row_number`, d.price, @prev:=d.created_at AS created_at
FROM mediana d, (SELECT @rownum:=0, @prev:=NULL) r
ORDER BY created_at, price
) as t1 INNER JOIN
(
SELECT count(*) as total_rows, created_at
FROM mediana d
GROUP BY created_at
) as t2
ON t1.created_at = t2.created_at
WHERE 1=1
AND t1.row_number>=t2.total_rows/2 and t1.row_number<=t2.total_rows/2+1
)sq
group by sq.created_at
Lo que hice aquí fue principalmente restablecer el número de fila a 1 cuando cambia la fecha (es importante ordenar por created_at) e incluir la fecha para que podamos agrupar por ella. En la consulta que calcula el total de filas, también incluí created_at, para que podamos unir las dos subconsultas.