Estaba usando el controlador equivocado. El controlador en el servidor era MySQL ODBC 5.1 Driver
y estaba usando en MySQL ODBC 8.0 ANSI Driver
. Eso explica la extraña codificación.
params = urllib3.parse.quote_plus("DRIVER={MySQL ODBC 5.1 Driver};"
f"SERVER={host}:{port};"
f"DATABASE={db};"
f"UID={username};"
f"PWD={password};"
f"charset=utf8")
db_engine = create_engine(f"mysql+pyodbc:///?odbc_connect={params}")
connection = db_engine.connect()