Es un poco complicado encontrarlo en el manual a menos que sepa qué buscar, pero esto debería ayudarlo:http://book.cakephp.org/view/1027/query
p.ej. algo como:
$gLat = 42.450071;
$gLong = -76.487664;
$this->Node->query("INSERT INTO nodes (Location) VALUES (GeomFromText('POINT({$gLat} {$gLong})'))");