Función SQL date_format no es parte de JPQL, como le diría cualquier documentación, así que no vea el sentido de simplemente insertar SQL en JPQL y esperar que funcione.
Lo que puede hacer con JPA 2.1 es invocarlo de la siguiente manera
function("date_format", s.date, '%Y, %m, %d')
donde function es una forma de invocar cualquier función SQL nativa. Esto claramente significa que pierde la independencia de la base de datos porque esa función no es válida en todos los almacenes de datos.
