no ir a la ruta clave / valor. SQL no está diseñado para manejarlo y hará que obtener datos reales de su base de datos sea un ejercicio de auto tortura. (Ejemplos:los índices no funcionan bien. Las uniones son muy divertidas cuando tienes que unirte solo para obtener los datos a los que te estás uniendo. Continúa).
Mientras los datos estén normalizados a un nivel decente, no tendrá demasiadas columnas.
EDITAR:para ser claros, hay algunos problemas que solo se pueden resolver con la ruta clave/valor. "Demasiadas columnas" no es una de ellas.