Para su información, resulta que al migrar la base de datos, se utilizan algunas estadísticas para que el optimizador del motor decida la mejor estrategia para, p. unir tablas, que aparentemente no fue copiado.
La solución es ejecutar ANALYZE
en cada una de las tablas para 'reconstruir' dicha información. Entonces, después de hacer ANALIZAR cada una de las tablas, y ejecutar explain
comando de nuevo, la salida está de acuerdo y la velocidad de consulta aumenta drásticamente.