Migraciones de Symfony Doctrine, ¿cómo puedo usar múltiples administradores de entidades?

Simplemente pase --em parámetro al generar diff .

Ejemplo:

php app/console doctrine:migrations:diff --em=uac # will use uac entity manager
php app/console doctrine:migrations:diff # will use the default entity manager

Para excluir tablas personalizadas de la eliminación, use:

doctrine:
    dbal:
        schema_filter: ~^(?!t_)~

según esto documento, alternativamente puede pasar el argumento de filtro en el tiempo de ejecución:

app/console doctrine:migrations:diff  --em=uac --filter-expression=/whatever/