Opinión personal:No deberías usar MyISAM para nada nuevo. InnoDB admite una tonelada de características que MyISAM no admite, las más importantes son las transacciones, seguidas de la integridad referencial y muchos otros elementos.
Muchas personas intentarán argumentar que MyISAM es más rápido y, por lo tanto, todavía tiene un lugar, pero a) esa brecha se ha cerrado considerablemente y las aceleraciones se pueden hacer fuera de la base de datos (es decir, memcached, etc.), y b) una base de datos rápida con datos incorrectos no es tan útil.
