En primer lugar:potencialmente está abriendo cientos de conexiones, ejecutando una consulta y cerrándolas, solo para volver a abrirlas.
Saque la segunda declaración de conexión del ciclo.
En segundo lugar, debe decirle a PHP qué comando está destinado a qué conexión, por ejemplo:
$query1 = mysql_query("SELECT * FROM emp", $dbcon1);
while($row = mysql_fetch_array($query1, MYSQL_NUM))
{
mysql_query("INSERT INTO backup_emp VALUES(null,'$row[1]',$row[2])", $dbcon2);
}
Hay una última cosita:si ambas conexiones van al mismo servidor con el mismo nombre de usuario y la misma contraseña, las dos declaraciones mysql_connect terminarán con la misma identificación de conexión.
Es por eso que deberá establecer la cuarta declaración (nuevo enlace) en su segunda declaración de conexión en verdadero:
$dbcon2 = mysql_connect(DB_SERVER, DB_USER, DB_PASSWORD, true)
