¿JPA no permite una entidad hecha de columnas de varias tablas?

No entiendo muy bien tu configuración.

@SecondaryTable es para almacenar una sola entidad en varias tablas, pero en su caso tiene una relación de muchos a uno entre diferentes entidades (cada una almacenada en su propia tabla), y debe mapearse como tal:

@Entity 
@Table(name="server") 
public class Server { 
    @ManyToOne
    @JoinColumn(name = "cluster_uuid")
    private Cluster cluster;
    ...
}