PHP Agregando el resultado de la base de datos a una matriz multidimensional

Prueba:

$result = mysql_query($mySelectQuery) or die("<br/><br/>".mysql_error());
    $books = array();
    while ($row = mysql_fetch_array($result)) 
    {
        $userID = $row{'User-ID'};
        $books[$userID][$row{'Book-Title'}] = $row{'Book-Rating'};
    }

Esto asignará el título de su libro como una clave/índice de matriz y establecerá la calificación como su valor.