Encontré una solución alternativa:
En lugar de usar eventos de una sola vez y volver a habilitarlos con una nueva hora de inicio (que funciona perfectamente siempre que solo se trate de un evento), ahora creo eventos recurrentes y los modifico dentro de su cuerpo. Entonces, por ejemplo, usando
ALTER EVENT `bot1`
ON SCHEDULE EVERY 52 MINUTE;
dentro de su cuerpo, el bot ahora se duerme durante 52 minutos. Con este método, incluso varios eventos funcionan como se esperaba e independientes entre sí.
Todavía no sé cuál es el problema con el primer intento, pero tener una solución que funcione es lo más importante :)
