Debe configurar una cotización en su esquema para que MySQL sepa qué caracteres se supone que son equivalentes. Si una letra con un signo diacrítico se considera igual que una sin o alguna otra secuencia de caracteres depende del idioma, pero pruebe utf8_general_ci como punto de partida para ignorar los acentos (asumiendo que está usando un juego de caracteres UTF-8, que debería ser realmente).
Trate de usar la misma intercalación en todas sus cadenas, para que puedan unirse y compararse sin costosas conversiones que rompan el índice.
