No tiene una función de agregación, por lo que debe usar distintos y no agrupar por
SELECT distinct SUBSTRING(`page_url`,-3) as pid
from `prop_log`
order by pid
y si necesita solo las filas con el dígito
SELECT distinct SUBSTRING(`page_url`,-3) as pid
from `prop_log`
WHERE `page_url` REGEXP '[0-9]'
order by pid
y por número de filas
SELECT SUBSTRING(`page_url`,-3) as pid
from `prop_log`
WHERE `page_url` REGEXP '[0-9]'
group by SUBSTRING(`page_url`,-3)
order by count(*)