Tener Timeout adquiriendo una conexión después de actualizar Knex

Tienes que destruir las conexiones una vez que se ejecuta la consulta.

 var knex = new Knex(config)
  knex(table)
    .where({ id: 1 })
    .then((result) => {
      callback(output)
    })
    .catch((err) => {
      err.error = true
      callback(err)
    })
    .finally(() => {
      knex.destroy()
    })
})