Mover $path = "images/"; dentro del bucle for. De lo contrario, está agregando al nombre del archivo sin restablecerlo después de cada iteración. En realidad, no necesita usar una variable para ese prefijo. Simplemente puede escribir 'images/' . md5(uniqid()) . "." . $ext[count($ext)-1] inmediatamente.
Para escribir los valores en la base de datos, también puede ejecutar la consulta en cada iteración o agregar las rutas a una matriz que se transforma en la lista de inserción separada por comas de acuerdo con la sintaxis SQL.
