El archivo adjunto de PHP en el correo electrónico está vacío

Le habría ayudado echar un vistazo a sus registros de errores o al menos configurar

ini_set('error_reporting', E_ALL);
ini_set('display_errors', 1);

ya que eso le habría dicho que base64_encode espera una cadena pero $output es un recurso.

Intenta configurar

ob_start(); 

al principio y

$output = ob_get_flush();

entre sus líneas fclose y $encoded.

Todavía no he probado el correo, pero esto debería ayudarte al menos un poco :)

Probé este código y todo funcionó bien:

<?php
ob_start();
header('Content-Type: text/csv; charset=utf-8');
header('Content-Disposition: attachment; filename=surveys.csv');

$output = fopen('php://output', 'w');
fputcsv($output, array('Name', 'Branch', 'Website','Company', 'Question1', 'Question2', 'Question3', 'Question4', 'Question5'));
$data = array();
$data[] = array('Name', 'Branch', 'Website','Company', 'Question1', 'Question2', 'Question3', 'Question4', 'Question5');

foreach( $data as $row )
{
    fputcsv($output, $row, ',', '"');
}
fclose($output);

$output = ob_get_flush();

$encoded = chunk_split(base64_encode($output));