Arreglado. El motivo fue que la ruta del Servidor B a la CA era incorrecta. Vale la pena señalar que para solucionar esto probé una conexión fuera de PHP directamente desde el servidor A y apareció un error "confirmación de otra firma incorrecta":luego cargué el certificado de CA y descubrí que estaba vacío. Reinicie el servidor, establezca las rutas correctas en my.cnf y el servidor inicio llamada y todo arreglado. Realmente vale la pena probar la conexión directa de mysql, ya que dio un error muy diferente que fue mucho más útil que el de PDO.
