Si su último propósito es crear una matriz a partir de sus valores, ¿por qué agrega datos a una cadena? Simplemente agregue sus datos a una matriz y luego utilícelos directamente.
foreach ($tag_id as $term){
$term_arr[]=$term['term'];
}
print_r($term_arr);
Entonces puedes usar
$stm =$db->prepare("SELECT user_id FROM sign WHERE term IN (:term_0,:term_1,:ts.id, s.term, s.counter, os.user_id, os.id, COUNT(oserm_2,:term_3,:term_4,:term_5,:term_6,:term_7,:term_8,:term_9,:term_10)");
$term_0="$term_arr[0]";
$term_1="$term_arr[1]";
$term_2="$term_arr[2]";
$term_3="$term_arr[3]";
$term_4="$term_arr[4]";