Verifique si el nombre de usuario ya existe usando PHP

Estás agregando espacios manualmente alrededor de tu nombre de usuario para que parezca que no existe:

$query = "SELECT * from User WHERE username=' ".$username." ' ";
                                             ^             ^

Debería ser:

$query = "SELECT * from User WHERE username='".$username."' ";

El uso de una declaración preparada evitaría ese problema y los posibles problemas de inyección de sql de una sola vez:

$query = "SELECT * from User WHERE username=?";

También asegúrese de usar consistentemente los nombres de sus tablas y columnas:User no es necesariamente lo mismo que user .

Tenga en cuenta también que nunca debe almacenar contraseñas de texto sin formato en una base de datos, debe sal y triturarlas .