Combinar y actualizar la clave principal

Crea un AUTO_INCREMENT campo en la nueva tabla y omitirlo de la lista de valores:

CREATE TABLE NEW_TABLE (id INT NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY, col1 …, col2 …, …);

INSERT
INTO    new_table (col1, col2, …)
SELECT  col1, col2
FROM    old_table_1
UNION ALL
SELECT  col1, col2
FROM    old_table_2
UNION ALL
…