¿Cómo implemento correctamente esta consulta mySQL en un archivo PHP y muestro los resultados?

Siempre que use funciones para columnas, debe asignarles un alias. La razón de esto es que puede estar usando muchas columnas en la función, y MySQL no sabrá automáticamente cuál usar para la salida de una sola columna, y le generaría un nombre de columna similar a la función que usó.

La solución que encontró es absolutamente válida. Sin embargo, para fines de legibilidad, se recomienda usar alias y nombres de columna.

Entonces su consulta debería leerse como tal:

SELECT 
    SUBSTRING(LEFT(configuration,
            LOCATE('abhol_firma', configuration) - 30),
        LOCATE('treuhand_betrag', configuration) + 22,
        100) as configuration   /* note the alias here */
FROM
    tl_iso_product_collection_item
WHERE
    LOCATE('abhol_firma', configuration) > 0
        AND LOCATE('treuhand_betrag', configuration) > 0
ORDER BY id DESC
LIMIT 1