Puede cambiar el nombre de la tabla actual, crear la columna 'eliminado' en ella y luego crear una vista con el mismo nombre que la tabla actual, seleccionando todo donde eliminado =0. De esa manera no tienes que cambiar todas tus consultas. La vista se podrá actualizar siempre que proporcione un valor predeterminado para la columna de eliminación._
CREATE TABLE my_new_table (col1 INTEGER,
col2 INTEGER,
col3 INTEGER,
deleted INTEGER NOT NULL DEFAULT 0);
INSERT INTO my_new_table (col1, col2, col3)
SELECT (col1, col2, col3)
FROM my_table;
DROP TABLE my_table;
CREATE VIEW my_table (col1, col2, col3)
AS SELECT (col1, col2, col3)
FROM my_new_table
WHERE deleted = 0;