Eche un vistazo a Esta publicación en InnoDB necesita hacer un escaneo completo de la tabla, mientras que en MyISAM es una lectura de índice.
Si usa un where aunque cambia el patrón de ejecución para usar índices, por lo que, en general, InnoDB será más lento que MyISAM en recuentos completos sin restricciones, mientras que el rendimiento coincide en recuentos restringidos.
