Las transacciones son atómicas solo con respecto a otras conexiones de bases de datos que intentan usar los mismos datos, es decir, otras conexiones verán no cambios realizados por su transacción, o todos cambios; "atómico", lo que significa que ninguna otra conexión de base de datos verá un estado intermedio con algunos datos actualizados y otros no.
El código PHP entre consultas no romperá la atomicidad, y no importa dónde prepare sus declaraciones.