Aquí está la solución que implementé:
Esto convertirá AHORA de la zona horaria local a UTC SELECT CONVERT_TZ( NOW(), @@session.time_zone, '+00:00' )
Esto convertirá cualquier cadena TIMESTAMP de la zona horaria local a UTC SELECT CONVERT_TZ( "2012-02-14 16:44:36", @@session.time_zone, '+00:00' )