Entonces, el lugar donde desea buscar buenas soluciones para los problemas de MySQL es Mysql Performance Blog/Percona . Específicamente, lo que quieres hacer es usar su XtraBackup , que soluciona una serie de problemas que ocurren con la copia de seguridad activa de InnoDB. Le haría bien usar su servidor parcheado con su reemplazo InnoDB XtraDB .
Integran una serie de parches de terceros para MySQL, incluidos los suyos propios y los de Google, y han mejorado el motor de almacenamiento InnoDB con correcciones, mejoras y mejores registros. Además, Percona patrocina una fantástica caja de herramientas para MySQL llamada Maatkit , que brinda algunos componentes para ayudarlo con las copias de seguridad y las comprobaciones de integridad.