Descubrí que PDO en muchas situaciones/proyectos es incluso más rápido que los módulos más nativos. extensión y hay es una penalización de velocidad al hacer cosas en el guión. Las pruebas sintéticas simples sin datos y el manejo de errores a menudo no cubren esta parte, razón por la cual (entre otros problemas como, por ejemplo, la medición de imprecisiones) creo que las conclusiones de "10000x SELECT x FROM foo tomaron 10 ms más" están perdiendo el punto la mayoría de las veces.
No puedo proporcionarle puntos de referencia sólidos y el resultado depende de cómo la aplicación circundante maneje los datos, pero incluso las pruebas sintéticas generalmente solo muestran diferencias tan insignificantes que es mejor que dedique su tiempo a optimizar sus consultas, el servidor MySQL, la red, ... en lugar de preocuparse por el rendimiento bruto de PDO. Por no hablar de la seguridad y el manejo de errores...