Mire el uso de CNAME. Hacer que los usuarios creen CNAME personalizados en sus registros DNS y que su sitio intente acceder a ellos es una forma de verificar la propiedad de un dominio.
Otro sería un poco más de trabajo, pero hacer que los usuarios agreguen una etiqueta Meta a su sitio y que su página intente acceder y leer esta información Meta para demostrar que tienen acceso a la página, verificando así la propiedad.
ACTUALIZAR:
dns-obtener-registro